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  • 16S测序(环境微生物多样性检测)

     环境微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究,通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行PCR扩增和测序,然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。

    • 产品详情

     环境微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究,通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行PCR扩增和测序,然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。


     一、技术路线

    Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

     

    二、生物信息分析

    1. 原始数据整理、过滤及质量评估 

    2. OTU生成和注释

    3. 基于物种丰度分析:
        ?稀释曲线
        ?丰度分布曲线
        ?Alpha多样性分析
        ?物种丰度差异分析

    4. 基于群落结构分析:
        ?单样品物种分布饼图
        ?多样品物种分布柱图
        ?含进化关系的物种丰度
        ?Beta多样性分析

    5. 根据客户需求进行个性化分析 


    三、样品要求 

    1、样品采集:样品采集条件的一致是重要的环节,严格按照采样标准采样,采样后立即封存样品冷冻保存。

    2、样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议采用专用试剂盒提取。提供浓度≥20 ng/μl,总量≥500 ng的基因组DNA,并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样。组织样品>1.5 g。

    3、样品保存期间切忌反复冻融。

    4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。


    五、我们的优势 

    1.能根据合作伙伴的需求,免费设计个性化的实验方案。

    2.??粕镉涤卸喔鱿冉牟庑蚱教?;
        ?Roche 454 FLX+测序平台:测序序列长,可以覆盖16S rDNA多V区/18S rDNA和ITS等高变区域;
        ?Illumina Miseq测序平台:测16S单V区或双V区。 

    3.具有标准化的分析流程。

    4.可根据研究目的定制个性化分析服务。


    基因测序

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